Naruto Shippuden
La acción empieza tras los dos años y medio que el protagonista, Naruto Uzumaki, ha pasado entrenando con su maestro Jiraiya. En ella reaparecen todos los personajes de la anterior serie pero con más experiencia y fuerza. Además, la Organización Akatsuki entra definitivamente en acción, tras su breve aparición en la parte anterior, y se revelan sus objetivos. El enemigo principal de la parte anterior de Naruto, Orochimaru, ha estado mientras tanto entrenando a Sasuke Uchiha, antiguo compañero de Naruto, que abandonó voluntariamente la aldea para ganar fuerza gracias a este personaje, y así poder tomar venganza contra su hermano, Itachi Uchiha.
Naruto Shippuden
La cuarta guerra mundial shinobi, Obito Uchiha · Episodio 432: El Shinobi Fracasado*
**Episodio de Relleno** Tsunade es alcanzada por el Tsukuyomi infinito, y en él recibe un relato de Jiraiya llamado Las crónicas ninja de Jiraiya, en el que relata la historia de Naruto, donde sus padres Minato y Kuchina están vivos y Minato sigue siendo el cuarto Hokage. Naruto es temido por ser el jinchuriki del Kyubi, pero a la vez, es tratado de una manera distinta por ser el hijo del Hokage. Un genin vuelve medio muerto a la aldea a causa de un ataque de desconocidos, donde todos los Jounin terminaron desaparecidos excepto el. Para que Naruto pueda controlar de una vez el poder del Kyubi, es enviado a una misión sumamente difícil para rescatar a los shinobis desaparecidos, junto con el equipo 7, 8, 9 y 10.
