Naruto Shippuden
La acción empieza tras los dos años y medio que el protagonista, Naruto Uzumaki, ha pasado entrenando con su maestro Jiraiya. En ella reaparecen todos los personajes de la anterior serie pero con más experiencia y fuerza. Además, la Organización Akatsuki entra definitivamente en acción, tras su breve aparición en la parte anterior, y se revelan sus objetivos. El enemigo principal de la parte anterior de Naruto, Orochimaru, ha estado mientras tanto entrenando a Sasuke Uchiha, antiguo compañero de Naruto, que abandonó voluntariamente la aldea para ganar fuerza gracias a este personaje, y así poder tomar venganza contra su hermano, Itachi Uchiha.
Naruto Shippuden
La cuarta guerra mundial shinobi, Obito Uchiha · Episodio 464: Ninshu*
**Episodio de Relleno** Hagoromo le cuenta a los Hokage del inicio del Ninshu, contándoles su historia desde que sello a su madre Kaguya. Seguido de este suceso, Hagoromo se encuentra con Gamamura, a quien le informa que recorrerá el mundo pagando sus pecados, ayudando a las personas, y enseñado su poder para el beneficio de la humanidad. Antes de partir, Gamamura le revela uno de sus sueños premonitorios, en el que un niño de ojos azules dominaría al Kyubi y lo llamaría por su nombre. Hagoromo parte en su viaje donde se encuentra con un puente roto, producido aparentemente por la batalla entre el y su madre, por lo que decide repararlo sin el uso de sus poderes.
