Naruto Shippuden
La acción empieza tras los dos años y medio que el protagonista, Naruto Uzumaki, ha pasado entrenando con su maestro Jiraiya. En ella reaparecen todos los personajes de la anterior serie pero con más experiencia y fuerza. Además, la Organización Akatsuki entra definitivamente en acción, tras su breve aparición en la parte anterior, y se revelan sus objetivos. El enemigo principal de la parte anterior de Naruto, Orochimaru, ha estado mientras tanto entrenando a Sasuke Uchiha, antiguo compañero de Naruto, que abandonó voluntariamente la aldea para ganar fuerza gracias a este personaje, y así poder tomar venganza contra su hermano, Itachi Uchiha.
Naruto Shippuden
La cuarta guerra mundial shinobi, Obito Uchiha · Episodio 441: Regreso*
**Episodio de Relleno** Naruto y los demás vuelven a Konoha, y a pesar de romper las leyes Minato les agradece. Jiraiya se recupera en el hospital de Konoha por la heridas de Naruto, y le explica a Minato que Orochimaru de alguna forma estaba implicado en el incidente. El clan Uchiha planea un golpe de estado, pero Minato trata de cumplir su promesa con la esperanza del niño de la profecía de Jiraiya. Sasuke le pide a Kakashi que le enseñe el Chidori para superar a Naruto, mientras que el mismo Naruto entrena para perfeccionar y evolucionar el Rasengan
