Naruto Shippuden
La acción empieza tras los dos años y medio que el protagonista, Naruto Uzumaki, ha pasado entrenando con su maestro Jiraiya. En ella reaparecen todos los personajes de la anterior serie pero con más experiencia y fuerza. Además, la Organización Akatsuki entra definitivamente en acción, tras su breve aparición en la parte anterior, y se revelan sus objetivos. El enemigo principal de la parte anterior de Naruto, Orochimaru, ha estado mientras tanto entrenando a Sasuke Uchiha, antiguo compañero de Naruto, que abandonó voluntariamente la aldea para ganar fuerza gracias a este personaje, y así poder tomar venganza contra su hermano, Itachi Uchiha.
Naruto Shippuden
La cuarta guerra mundial shinobi, Obito Uchiha · Episodio 442: Caminos mutuos*
**Episodio de Relleno** Sasuke siente que su padre no lo reconoce y pelea con Naruto, Minato los separa pero Sasuke nota que Naruto es más fuerte. Sasuke abandona la escuela shinobi y se une a la policía militar, mientras que Naruto acompaña a Jiraiya en donde entrenará para entrar en el modo ermitaño, mientras siguen los pasos de Orochimaru quien se revela como artífice de lo ocurrido con Hizashi junto a su cómplice Danzo, y Sakura quien es entrenada por Tsunade quien le enseña el Byakugou no Jutsu. Luego de tres años, Sasuke es enviado de vuelta a Konoha y es nombrado vice capitán de la policía militar, jurando reparar la humillación de Naruto con derrotarlo.
