Naruto Shippuden
La acción empieza tras los dos años y medio que el protagonista, Naruto Uzumaki, ha pasado entrenando con su maestro Jiraiya. En ella reaparecen todos los personajes de la anterior serie pero con más experiencia y fuerza. Además, la Organización Akatsuki entra definitivamente en acción, tras su breve aparición en la parte anterior, y se revelan sus objetivos. El enemigo principal de la parte anterior de Naruto, Orochimaru, ha estado mientras tanto entrenando a Sasuke Uchiha, antiguo compañero de Naruto, que abandonó voluntariamente la aldea para ganar fuerza gracias a este personaje, y así poder tomar venganza contra su hermano, Itachi Uchiha.
Naruto Shippuden
La cuarta guerra mundial shinobi, Obito Uchiha · Episodio 444: Deserción de la aldea*
**Episodio de Relleno** Sasuke sale de Konoha y se encuentra con Kakashi, pero lo derrota con un genjutsu logrando huir. Minato ordena un toque de queda para no alarmar la búsqueda de Sasuke y evitar manchar el nombre de los Uchiha. Shikamaru reúne a Naruto y los demás en el aula de la escuela ninja, encontrándose Naruto con la banda protectora de Sasuke, enterándose de su deserción por Sakura. Shikamaru acompaña a Naruto para evitar que llegue con Orochimaru pero son detenidos por Raíz, que por orden de Danzo tienen la orden de matarlos si es necesario. En seguida, Neji, Tenten y Rock Lee se unen a Naruto para repeler los ataques de Raíz.
