Naruto Shippuden
La acción empieza tras los dos años y medio que el protagonista, Naruto Uzumaki, ha pasado entrenando con su maestro Jiraiya. En ella reaparecen todos los personajes de la anterior serie pero con más experiencia y fuerza. Además, la Organización Akatsuki entra definitivamente en acción, tras su breve aparición en la parte anterior, y se revelan sus objetivos. El enemigo principal de la parte anterior de Naruto, Orochimaru, ha estado mientras tanto entrenando a Sasuke Uchiha, antiguo compañero de Naruto, que abandonó voluntariamente la aldea para ganar fuerza gracias a este personaje, y así poder tomar venganza contra su hermano, Itachi Uchiha.
Naruto Shippuden
La cuarta guerra mundial shinobi, Obito Uchiha · Episodio 445: Persecución*
**Episodio de Relleno** Sasori revela a Hidan que el experimento de Hizashi de hace tres años antes perjudicó a Akatsuki, el cual no los llevó a nada. Aun así, tras el desafortunado accidente que provocó Deidara con una de sus bombas, la cual acabó con la vida de Yahiko y la destrucción de la aldea donde se encontraba el equipo Jiraiya, logró ser aprovechada para culpar al Hokage Minato, dando este suceso el nacimiento de Pain, quien planea atacar Konoha. Por otra parte, Naruto aún continúa la persecución a Sasuke, y Raíz tratando de detenerlos a como de lugar. Rock Lee y TenTen detienen a dos de ellos para que los demás logren alcanzar a Sasuke.
