Naruto Shippuden
La acción empieza tras los dos años y medio que el protagonista, Naruto Uzumaki, ha pasado entrenando con su maestro Jiraiya. En ella reaparecen todos los personajes de la anterior serie pero con más experiencia y fuerza. Además, la Organización Akatsuki entra definitivamente en acción, tras su breve aparición en la parte anterior, y se revelan sus objetivos. El enemigo principal de la parte anterior de Naruto, Orochimaru, ha estado mientras tanto entrenando a Sasuke Uchiha, antiguo compañero de Naruto, que abandonó voluntariamente la aldea para ganar fuerza gracias a este personaje, y así poder tomar venganza contra su hermano, Itachi Uchiha.
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La cuarta guerra mundial shinobi, Obito Uchiha · Episodio 492: La historia secreta de Shikamaru — Nubes de sospecha
Shikamaru y sus compañeros permanecen en el calabozo mientras Genko en repetidas ocasiones trata de quebrar su voluntad. Sai visita al Nara e intenta convencer acerca de formar parte de los subordinados de Genko, sugerencia que rechaza sin dudarlo. Días después, Genko requiere la presencia del estratega de Konoha para convencerlo personalmente, sin embargo la respuesta sigue siendo la misma, como consecuencia de ello, lo lleva a una habitación especial y le muestra unas flores propias de ese país, en ese momento, Shikamaru comprende que el aroma que despiden esas flores permiten que Genko controle la mente de los demás por lo que exige hagan de su conocimiento la ubicación de sus compañeros.
