Naruto Shippuden
La acción empieza tras los dos años y medio que el protagonista, Naruto Uzumaki, ha pasado entrenando con su maestro Jiraiya. En ella reaparecen todos los personajes de la anterior serie pero con más experiencia y fuerza. Además, la Organización Akatsuki entra definitivamente en acción, tras su breve aparición en la parte anterior, y se revelan sus objetivos. El enemigo principal de la parte anterior de Naruto, Orochimaru, ha estado mientras tanto entrenando a Sasuke Uchiha, antiguo compañero de Naruto, que abandonó voluntariamente la aldea para ganar fuerza gracias a este personaje, y así poder tomar venganza contra su hermano, Itachi Uchiha.
Naruto Shippuden
La cuarta guerra mundial shinobi, Obito Uchiha · Episodio 448: Compañeros*
**Episodio de Relleno** Naruto no puede liberarse del Chibaku Tensei, por lo que Kushina le entrega el poder de la otra mitad del Kyubi perdiendo la vida. Naruto logra liberarse y derrota a Pain, y llega a la ubicación de Nagato y Konnan. Al verlos, dialogan sobre sus compañeros perdidos y Naruto al tener los mismos pensamientos que Yahiko, Nagato libera a Konoha del Chin Chibaku Tensei y se retiran, prometiendo Naruto unirse algún día al equipo Jiraiya. Mientras, Sasuke asesina a Orochimaru pero alcanza a recibir su veneno. Luego despierta en una cueva junto a Sasori, quien le recuerda que Itachi está muerto, por lo que decide gobernar como los Uchiha y destruir Konoha, uniéndose a Akatsuki.
